Wijnakker heeft vooral moeite met het feit dat Zeebrugge de enige haven is waarin het Vlaamse Gewest rechtstreeks participeert. “Als gevolg daarvan krijgt de haven in alles haar zin en hoeft men zich niets gelegen te laten liggen aan de adviezen van de Havencommissie aan minister Sauwens” , aldus de Gentse schepen.
De steen des aanstoots is de goedkeuring van de bouw van een sluis, die zonder slag of stoot tot stand gekomen zou zijn. Dat steekt des te meer, omdat Gent al twintig jaar vecht voor de bouw van een nieuwe sluis in Terneuzen waardoor de haven voor grotere en dieperstekende schepen bereikbaar wordt. Wijnakker wees er daarbij op dat Zeebrugge slechts negen miljoen ton per jaar overslaat tegen 25 miljoen ton voor Gent.
De Vlaamse Havencommissie is een platform, dat is ingesteld om het geruzie tussen de zeehavens te beteugelen over wie wel of niet mag investeren en/of gesubsidieerd wordt. Aangezien de havens zelf zitting hebben in de commissie, onder voorzitterschap staat van prof. Winckelmans, neemt de Vlaamse regering de niet-bindende adviezen zeer serieus. Het uiteenvallen van de commissie zou een ernstige verslechtering in de verhouding tussen de Vlaamse haven betekenen.